ويمكن استخدام المنغنيز لتنقية مياه الصرف الصحي والمياه الجوفية.
عندما يكون تركيز الحديد في المياه الجوفية مرتفعًا جدًا، سيكون له بعض التأثير على إنتاجنا وحياتنا، مثل أن يصبح الماء عكرًا ومصحوبًا برائحة الحديد، ويتشكل القشور بسهولة، وستحتوي الملابس المغسولة على بقع صدأ، وما إلى ذلك. يمكن للمنغنيز أكسدة الحديد في الماء، وأكسدة الحديد ثنائي التكافؤ القابل للذوبان في الماء إلى حديد ثلاثي التكافؤ غير قابل للذوبان وترسيبه لإزالته. بالإضافة إلى ذلك، يمكن أيضًا استخدام المنغنيز لتنقية الزرنيخ في مياه الصرف الصحي.
وعادة ما يستخدم المنغنيز في شكل مسحوق أو حبيبات. يمكن إضافته إلى الماء أو تطبيقه من خلال مرشح. وتعتمد كمية المنجنيز المستخدمة على تركيز الحديد والمنجنيز في الماء وحجم المياه المراد معالجتها. بشكل عام، يتم إضافة 1-2 ملجم من أكسدة المنغنيز لكل جالون. تكلفة المنغنيز منخفضة نسبيا. وهو أيضًا عامل معالجة مياه آمن نسبيًا ولن يسبب ضررًا لجسم الإنسان. إنها اقتصادية وصديقة للبيئة للاستخدام.
تضيف العديد من الشركات المصنعة لمعالجة المياه وفرق الهندسة مركبات المنغنيز أدناه في عملية معالجة المياه الخاصة بهم.